山东交通学院始建于1956年。2002年经教育部批准升为普通本科高校。2007年交通运输部与山东省签署文件共建山东交通学院。2011年成为“全国高校毕业生就业50强”典型经验高校、培养硕士专业学位研究生试点工作单位。2013年获批成为山东省高等教育应用型人才培养特色名校立项建设单位、教育部应用技术大学改革试点战略研究单位。
山东省内燃机研究所创建于1980年，是我国第一家成立的省级内燃机科研单位。2016年，根据相关部门要求，研究所应转企改制。2016年4月，山东省省委省政府颁布了《关于推进高等教育综合改革的意见》，《意见》指出：“按照学科分类，整合省属科研院所和高校教育科研资源，集聚资源优势，形成发展合力，促进高水平大学建设，2016年选择2所学科特点突出、基础条件较好的科研院所先行试点，积累经验，逐步推开”。
《意见》的下发，为两家有着深厚的机械类学科背景的单位提供了千载难逢的合并良机。根据《意见》精神，整合高校和科研院所资源协同发展，是综合改革的重要内容，两家单位先行先试，经过深入沟通和严谨论证，达成了山东省内燃机研究所整建制并入山东交通学院的高度共识。7月29日，省委副书记、省长郭树清做出重要批示，8月23日，多部门会签的合并方案由省教育厅正式呈报给省政府，两家单位的合并成为全省第一家上报省政府的合并案例，确定成为2家院所合并试点单位之一；10月24日，山东省机构编制委员会办公室下发《关于省内燃机研究所并入山东交通学院的通知》，经研究并报省政府同意，将山东省内燃机研究所整建制并入山东交通学院，不再转企改制。山东省内燃机研究所64名在职人员并入山东交通学院，纳入山东交通学院人员控制总量管理，其事业身份记录在案；离退休人员统一由山东交通学院服务和管理；山东省内燃机研究所资产、债权债务一并划转山东交通学院。
11月3日上午，在山东交通学院长清校区学术报告厅举行山东省内燃机研究所并入山东交通学院专题研讨会暨并入仪式。山东省教育厅副厅长郭建磊，山东省编办副主任邵长才，山东省编办事业机构编制处处长杨红帅，山东省科技厅政策法规处副处长康荣鑫，山东省人社厅事业单位管理处副处长邢军，山东省国资委企业改革处副调研员赵晓玲出席仪式。
两家单位合并后，学校将整合双方资源设施、技术设备、人才队伍等方面的优势，实现学校在汽车及内燃机领域人才培养、科学研究、社会服务等方面量的飞跃和质的提升，为山东省交通设施与装备制造业向强省转变发挥更大的推动作用。
山东省内燃机研究所整建制并入山东交通学院，是山东省全面深入推进高等教育综合改革的背景下的一次勇敢尝试，为山东省高等教育改革创造了经验，对于进一步完善治理机构，创新人才培养模式，优化科研体制机制，做出了示范，提供了标杆；对增强学校的办学实力和竞争力，加快建设特色鲜明的高水平应用型大学具有重要意义。
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